从明朝中期开始，就有大量的中国侨民到东南亚去谋生，今天的东南亚的华人又和大一部分就是当时的移民后裔，西方殖民者来到之后，不断的迫害华人，多次进行了有组织的针对华人的屠杀。

第一次有记载的发生在1603年西班牙殖民者统治下的菲律宾，当时死难的中国同胞据《明史》记载为25000人，福建巡抚估计为3万人，西班牙殖民者估计为23000人）而华侨损失的财产则难以估计，据事后拍卖，拨为军用者36000多比索，缴人“皇家金库”者3万多比索。大屠杀后，致使马尼拉没有理发师，没有裁缝，没有鞋匠，没有厨师，没有农民和牧民；“没有粮食吃，没有鞋子穿，即使出极高的价钱也买不到”。1639年的第二次大屠杀，致使吕宋岛华侨基本上绝灭了，全菲遇难华侨共达22000一24000人。“有几条河里的水被尸体污染得不能食用达6个月之久，（马尼拉）周围许多里格以内，河里的鱼是吃人肉长肥了的，所以人们连鱼也不能吃”。1662年的第三次大屠杀，据推测被杀害的华侨不下25000人。一个西方历史学家说：“西班牙人的原来意图是要杀尽每一个中国人的。但后来考虑到缺乏商贩和手艺人的不便，便放弃了这个意图。实际上是出于有此必要，而却以（西班牙王）的名义慈悲地宣称赦免一切放下武器的人。”1762年，西班牙人对华侨实行第4次大屠杀，遇难华侨近2万人。西班牙殖民者发布命令“杀掉所能找到的一切中国人”，宣告所有华侨都是西班牙的叛徒，在什么地方发现，就在什么地方绞死。于是西班牙殖民者四处搜捕，形成一个“骇人听闻的屠杀高潮”。它们残酷地把10～15个人的辫子联结在一起，再系上石头，投入海河，活活淹死。殖民者的强盗行径勾画出吃人魔王的丑恶嘴脸。

然而最令人可气的是第一次屠杀发生后，当时的福建巡抚（这个人我不想提他的名字，因为离现代太近了，说不定还能找到他的子孙后代）对皇帝上书时居然还谴责所有被杀的华人都是愧对祖坟的逆子，不值得陛下关心。

荷兰殖民者巩固了它在爪哇的地位后，便对印度尼西亚日益增多的华侨害怕起来。他们认为富有的华侨是竞争者，而贫穷的华侨则又是对自己有害的分子。早在18世纪20年代，荷兰当局就已经把对自己没有好处的贫穷失业的华侨流放到锡兰岛和开普殖民地去，只有从公司得到特别许可证的华侨才被允许住在爪哇。1740年7月25日，东印度公司议决，凡属可疑的华侨，不管有无居留准字，统统抓起来先关在监牢里，然后再行审查。此令一下，马上引起了极大的骚动，官吏以发给居留准字大索贿赂，许多有资产的华侨，无缘无故地被关在监牢里，须出一大笔钱才能赎出。假如有的华侨无钱疏通官吏，则被遣送锡兰岛。上荷兰人的肉桂园中做苦工。后来事情愈闹愈恶化，那些被送到锡兰做苦工的华侨，并非真的运到锡兰，而是船一离开海口，就被扔进海里喂大鱼。

荷兰总督还以华侨准备攻击巴达维亚为借口，组织了一场骇人听闻的对华侨的屠杀。被唆使反对华侨的暴民，在荷兰士兵的参与下，劫掠和屠杀华侨达一星期之久，虽老幼亦不得免。巴达维亚一地，原有华侨4000人，在巴达维亚以外的荷兰领地上，则有华侨6000人。这次屠杀，华侨住家被劫掠和焚毁的就有600多处，被杀害的华侨数以千计。总督还下令将狱中华侨全部处死。另据印度尼西亚史书记载：总督下令搜查巴达维亚城内中国人的住宅。这次搜查演变成屠杀、抢劫和四处放火焚烧，甚至在医院里的中国人也惨遭杀戮，这种情况大约继续了十天之久，一万多尸首横陈街道。东印度公司对此袖手旁观，不加制止，总督甚至亲自下令把被捕的中国人一概杀死，同时将医院里的中国人拖出来，让暴徒打死。此外，他还出布告：凡在城外杀一中国人的给赏银2“杜卡特”（每一杜卡特等于荷印市三盾一角五分）。

*以上还并不是所有的资料

其实东南亚对华人的屠杀一直到21世纪的今天还远没有结束,比如印尼建立国家到现在对华人的屠杀十余次,就是到了2000年以后还在发生,只是规模比较小一点.